El recinto estaba compuesto por un cuadrilátero rodeado por un alto muro exterior con garitas en las esquinas. Existía un patio central, en torno al cual se organizaban las celdas, el comedor, la escuela, la capilla. Los servicios médicos y los talleres se situaban en paralelo al patio. En el exterior, estaban las oficinas, el puesto de guardia, el archivo y las viviendas de los funcionarios.

El golpe de  estado contra la República de julio de 1936 triunfó en Burgos. La cárcel cayó bajo la jurisdicción de los franquistas y los reclusos comenzaron a aumentar de forma rapidísima. El volumen tan elevado de presos convirtió el propio suelo, las escaleras y los lavabos, en lugares donde dormir. 

Al problema del tremendo hacinamiento humano no tardó en añadirse la escasa alimentación. Se aceptaban las comunicaciones y paquetes de los familiares de los presos porque permitían completar el déficit alimenticio de la prisión. En estas condiciones, pronto hicieron su aparición las enfermedades contagiosas e infecciosas; entre las más frecuentes se encontraban la tuberculosis, la avitaminosis, la bronconeumonía, el tifus y el cólera.

Según consta en el expediente penitenciario de Bautista Juanes Molina, este falleció por tuberculosis el 9 de Septiembre de 1949 en la enfermería de la Prisión Central de Burgos. El día anterior a su fallecimiento se permitió entrar en la prisión a su esposa y su hermana Juana para despedirse.

Tal y como se recoge en la Orden de la dirección de la Prisión Central de Burgos el cadáver de Bautista se entrega a los operarios del Ayuntamiento para llevarlo al cementerio municipal, lugar de enterramiento habitual de los presos muertos por enfermedad o fusilados en la Prisión Central de Burgos.

Bautista Juanes Molina no murió por enfermedad sino que perdió su vida por la terrible represión franquista que tuvo que soportar entre el año 1939 y el 1949 en diversas cárceles en condiciones totalmente inhumanas y tal y como veremos a continuación a trabajar en régimen de  semiesclavitud.